Kenshin Himura, ancien assassin surnommé le Battosaï durant l'ère Edo, cache un passé très lourd...

Devenu un vagabond depuis l'instauration de l'ère Meiji, il parcourt le pays muni de son sabre à lame inversée, avec le désir de ne plus tuer.
Malgré son désir de ne plus tuer, Kenshin se fait rattraper par son passé et le gouvernement a souvent besoin de lui. En effet, même si la paix est rétablie dans le Japon, certains hommes cherchent encore leur place dans cette nouvelle société loin d'être parfaite... De plus, malgré la nouvelle place de Kenshin aux côtés de Kaoru, persiste en lui une pensée sombre et douloureuse.