Vers la fin d'un XIXème siècle imaginaire et particulièrement gothique, le jeune Allen Walker est un exorciste appartenant à un ordre spécial créé par le Vatican. Le but de cet ordre est d'affronter et d'éliminer des démons appelés Akuma, ainsi que celui qui les créé, le Comte Millénaire, dont le but est de détruire le monde. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, sorte d'arme personnelle fantastique.